Perustamispäätöslauselmissa A/RES/60/180 ja S/RES/1645 (2005) rauhanrakennuskomission toimenkuvaan määriteltiin kuuluviksi ensisijaisesti seuraavat kokonaisuudet:

• Kaikkien keskeisten toimijoiden yhdistäminen resurssien hankinnassa sekä konfliktinjälkeisten rauhanrakennustoimien kokonaisstrategioita koskeva neuvonta

• Huomion keskittäminen konfliktista toipumiseen tarvittaviin jälleenrakennustoimiin ja kokonaisvaltaisten strategioiden tukeminen kestävän kehityksen perustana

• Suositusten laatiminen ja tiedonkeruu sekä YK:n sisäisten että sen ulkopuolisten toimijoiden työn koordinaation parantamiseksi, hyvien käytäntöjen kehittäminen sekä varhaisten rauhanrakennustoimien rahoituksen ennustettavuuden ja kansainvälisen yhteisön pitkäjänteisen huomion varmistaminen konflikteista toipuville valtioille

Komission toiminnan painopiste on sen asialistalle valikoituneiden maiden rauhanomaisen kehityksen tukemisessa. Asialistalle voi päätyä joko YK:n turvallisuusneuvoston tai pääsihteerin suosituksesta sekä tietyin ehdoin myös YK:n yleiskokouksen tai talous- ja sosiaalineuvoston tai konfliktitilaan ajautumassa olevan jäsenvaltion itsensä pyynnöstä. Asialistalle otetaan lähtökohtaisesti vain sellaisia valtioita, jotka itse ovat ilmaisseet halukkuutensa rauhanrakennuskomission tuen saamiseen.

Ensimmäisellä toimikaudellaan (kesäkuu 2006 - kesäkuu 2007) rauhanrakennuskomissio hyväksyi asialistalleen kaksi valtiota: 1990-luvun pitkittyneiden sisällissotien runtelemat Sierra Leonen ja Burundin. Kauden lopuksi YK:n turvallisuusneuvostolle antamassaan raportissa komissio katsoi, että se oli molemmissa maissa onnistunut yhtenäistämään rauhanrakennusstrategioita syventämällä osapuolten välistä dialogia. Sierra Leonen loppukesän 2007 rauhanomaisesti sujuneita presidentin- ja parlamenttivaaleja pidetään komission yhtenä merkittävänä alkuvaiheen onnistumisena.

Sittemmin rauhanrakennuskomission listalle on lisätty kaksi uutta valtiota: Guinea-Bissau joulukuussa 2007 ja Keski-Afrikan tasavalta kesäkuussa 2008. Guinea-Bissaun rauhanomainen kehitys koki vakavan takaiskun maaliskuun 2009 alussa, kun maan presidentti salamurhattiin. Rauhanrakennuskomissio on muun YK:n tavoin tuominnut teon ja kehottanut kansainvälistä yhteisöä jatkossakin tukemaan Guinea-Bissauta sen rauhanrakennusstrategian toteuttamisessa ja erityisesti tulevien presidentinvaalien järjestämisessä. Keski-Afrikan tasavallan keskeisiksi rauhanrakennushaasteiksi komissio on tunnistanut turvallisuussektorin uudistamisen, hyvän hallinnon ja oikeusvaltiokehityksen edistämisen sekä konfliktialueiden jälleenrakennuksen.

Tammikuuhun 2009 mennessä rauhanrakennusrahasto oli kerännyt 44 lahjoittajalta yhteensä 278 miljoonan Yhdysvaltain dollarin varat ja hyväksynyt yhteensä 70 hanketta Burundissa, Keski-Afrikan tasavallassa, Komoreilla, Norsunluurannikolla, Guinea-Bissaussa, Guineassa, Haitissa, Keniassa, Liberiassa, Nepalissa ja Sierra Leonessa.