Rauhanrakennuskomissio kokoontuu erilaisissa kokoonpanoissa eikä sillä ole tarkasti määriteltyä kokousaikataulua. Komission kolme pääasiallista toimintafoorumia ovat pysyvä järjestelytoimikunta (Organizational Committee), maakohtaiset tapaamiset (country-specific meetings - CSM) sekä työryhmä, joka pyrkii hyödyntämään aiemmista konfliktien jälkitilanteista saatuja kokemuksia (Working Group on Lessons Learned).

Pysyvä järjestelytoimikunta vastaa rauhanrakennuskomission yleisen työjärjestyksen laatimisesta. Sen toimenkuvaan kuuluu komission keskipitkän aikavälin toimintojen suunnittelu sekä kokonaisvaltaisten rauhanrakennusstrategioiden (Integrated Peacebuilding Strategies) kehittäminen. Toimikunta koostuu kaikkiaan 31 jäsenvaltiosta:

• Seitsemän jäsentä turvallisuusneuvostosta (mukaan lukien viisi pysyvää jäsentä)

• Seitsemän jäsentä talous- ja sosiaalineuvostosta - erityishuomio maissa, joilla on omakohtaista kokemusta konfliktista toipumisesta

• Viisi niistä kymmenestä jäsenmaasta, jotka ovat lahjoittaneet eniten varoja YK:n toimintaan

• Viisi niistä kymmenestä jäsenmaasta, jotka ovat myöntäneet eniten sotilaallisia ja siviilijoukkoja YK-operaatioihin

• Seitsemän YK:n yleiskokouksen valitsemaa jäsentä, jotka tasapainottavat jäsenistön maantieteellistä edustavuutta ja sisältävät maita, joilla on omakohtaista kokemusta konfliktista toipumisesta

Jäsenten toimikausi on kaksi vuotta kerrallaan, mutta toimikunnan kokoonpanoa koskevat säännöt tarkoittavat käytännössä sitä, että jotkut valtiot ovat pysyvästi toimikunnan jäseninä.

Järjestelytoimikunnan lisäksi rauhanrakennuskomission työssä keskeisellä sijalla ovat maakohtaiset tapaamiset, joita järjestetään säännöllisesti asialistalla olevien maiden kehityksen seuraamiseksi. Maakohtaisiin tapaamisiin voi järjestelytoimikunnan jäsenten lisäksi osallistua myös kohdevaltion naapurimaiden, alueellisten ja monenkeskisten järjestöjen, kansainvälisten rahoituslaitosten sekä kansalaisyhteiskunnan edustajia. Kokouksissa hyödynnetään videokonferenssiteknologiaa, jotta myös kohdevaltiossa ja muualla kentällä olevat tärkeät toimijat pääsevät mukaan keskusteluihin.

Rauhanrakennuskomissio on perustanut erillisen työryhmän pohtimaan aiempien kansallisten ja kansainvälisten rauhanrakennuskokemusten opetuksia ja tunnistamaan niiden perusteella hyviä käytäntöjä, jotta tulevaisuuden rauhanrakennusstrategiat vastaisivat entistä paremmin tehokkaan konfliktin jälkihoidon tarpeita. Työryhmä keskittyy erityisesti komission asialistalla olevien maiden kehityksen kannalta olennaiseen analyysiin.