Rauhanrakennuskomission perustamista on yleisesti pidetty tärkeänä askeleena YK:n kokonaisvaltaisen ja kestävän rauhantyön edistämisessä. Komission toivotaan toiminnallaan ehkäisevän konflikteista toipuvien valtioiden luisumista takaisin väkivaltaisuuksiin kansainvälisen yhteisön välittömän huomion vähentyessä rauhansopimuksen solmimisen jälkeen. Lisäksi yleiskokouksen ja turvallisuusneuvoston yhteistä hallintavastuuta rauhanrakennuskomissiosta on pidetty tervetulleena institutionaalisena uutuutena YK-järjestelmässä. Parhaimmillaan rauhanrakennuskomissio voi tarjota mallin YK-järjestelmän demokraattisuuden lisäämiseksi tilanteessa, jossa turvallisuusneuvoston demokraattisen uudistamisen toteutuminen lähitulevaisuudessa ei näytä kovin todennäköiseltä.

Rauhanrakennuskomissio ei ole alkutaipaleellaan joutunut samanlaisen arvostelun kohteeksi kuin samoihin aikoihin perustettu toinen uusi YK-toimielin, ihmisoikeusneuvosto. Komissiolle asetetut korkeat odotukset ovat kuitenkin myös haaste, sillä rauhanrakennuskomission toiminnassa on rakenteellisia rajoitteita, jotka tulee ottaa huomioon sen menestystä arvioitaessa. Erityisesti on huomioitava, että komissiolla ei ole suoraa toimeenpanovaltaa, vaan sen rooli on lähtökohtaisesti neuvoa-antava ja koordinoiva. Komissio päättää toimistaan yksimielisesti, joten mahdolliset eturistiriidat 31 jäsenen välillä voivat osaltaan vaikeuttaa sen toimintaa. Toisaalta konsensusvaatimus lisää komission päätösten vaikuttavuutta.

Rauhanrakennuskomission perustamista alun perin suositellut korkean tason paneeli (High-Level Panel on Threats, Challenges and Change, 2004)) näki konfliktinehkäisyn keskeisenä osana komission toimintaa. Rauhanrakennuskomission virallisesti perustaneissa YK:n yleiskokouksen ja turvallisuusneuvoston päätöslauselmissa tämä ulottuvuus oli kuitenkin rajattu pois komission toimialueesta. Jotkut ovat nähneet kapean mandaatin vaikuttavan kielteisesti komission toiminnan tehokkuuteen. Huomiota on kiinnitetty myös siihen, että perustamispäätöslauselmat ovat joiltain osin hyvin tulkinnanvaraisia: esimerkiksi naisten ja kansalaisyhteiskuntatoimijoiden tärkeä rooli rauhantyössä tunnustetaan, mutta näiden ryhmien käytännön asemasta rauhanrakennuskomission toiminnassa ei säädetä tarkemmin. Rauhanrakennuskomissio on sittemmin antanut periaatteellisen ohjeistuksen kansalaisyhteiskuntatoimijoiden osallistumisesta sen kokouksiin.

Keskeisin rauhanrakennuskomission haaste lienee kuitenkin tasaisen ja riittävän rahoituksen turvaaminen. Usein lahjoittajamaat ovat avokätisimmillään konfliktien akuuteimmassa vaiheessa, kun taas rauhanrakennuskomission työn perustana on nimenomaan ajatus valtioiden avustamisesta konfliktien jälkitilanteessa, jolloin kansainvälisen huomion määrä vähenee, mutta tukitarve on vielä huomattavan suuri. Riittävien resurssien valjastaminen rauhanrakennustyöhön on tärkeä osa rauhanrakennuskomission toimintaa, erityisesti komission asialistalla olevien maiden lukumäärän kasvaessa. Onnistuessaan komissio voi tuoda huomattavan lisäarvon rauhan edistämiseen maailmassa.